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目前间质瘤的方法主要是手术和分子靶向，而手术目前是有可能的手段。
国内外学者研究发现，间质瘤的首次非常重要，假如采取合理的首次，将会明显的提高。间质瘤方案主要是以手术为主。手术方式根据不同部位不同肿瘤分级等因素来定，原则同其他实体瘤一致，仍是完整切除肿瘤及其转移或浸润的组织。肿瘤的完整切除是影响患者生存时间一个很重要的因素，完全切除术患者的生存时间明显高于不完全切除术患者的生存时间。肿瘤的完整切除取决于很多因素，比如肿瘤大小、有无远处转移或腹腔内种植、是否浸润四周组织及器官等。因此对于因各种原因不能首次完全切除的肿瘤来说，术前可采用辅助措施(如服用分子靶向等)，待瘤体缩小或肿瘤得到控制后再行手术切除，从而提高肿瘤的完整切除率。
研究表明，术前或术中肿瘤的破裂是不良预后的因素之一。间质瘤只有一层极薄的包膜，有的甚至无包膜，手术时极易破溃，因此切不可过度牵拉或挤压瘤体，以免造成肿瘤的破裂或腹腔内种植。间质瘤的淋巴转移较少见，因此一般不必行广泛的淋巴结清扫或扩大术。术中常规做快速冰冻切片病理检查是必要的，虽然不能作为间质瘤确诊的依据，但可以明确组织来源，对判定间质瘤及其生物学行为是有帮助的。长期随访表明，虽然超过50%的间质瘤可以完整切除肿瘤，腹腔内局部复发及远处转移率仍很高。有道首次完整切除肿瘤的患者，在结束长为18个月的中位随访时间后，有90%的患者出现腹腔内、局部或转移复发，大多在术后2年内出现。患者在接受的过程当中，对自身免疫系统的要求很高，如果不能保证，就有可能无法进行进一步。在接受完后也有可能因为低下造成复发和转移。
间质瘤对化疗敏感性不强，具体原因还不清楚。间质瘤对放疗几乎不起作用，同时由于放射线对腹腔内重要器官如肝、肾、脾、肠道等易造成损害，不能达到足够的放疗剂量，因此很少考虑放疗。
近年来随着对间质瘤分子发病机制的研究进展，分子靶向成为间质瘤的主要方法之一。分子靶向的出现极大的改变了间质瘤的策略和预后。目前对于间质瘤的分子靶向主要为和舒尼替尼。其适应症为手术无法切除或复发性的间质瘤，临床上也有时用于术前新辅助，以期缩小肿瘤体积达到完整切除。
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